El museo nacional consta de 3 pisos y 17 salas que contienen la historia de Colombia.
El primer piso habla básicamente de la época de la colonia, de cómo se cruzaron tantas culturas en un solo sitio, de la religión implantada en el nuevo reino y de cómo los españoles casi destruyen una cultura por su ambición de oro dinero y las diversas riquezas de nuevo mundo.
Antes de los españoles llegar a estas tierras, allá estaban pasando por muchos cambios como la unión de dos reinos por medio de matrimonio y de la expulsión de las personas de otras creencias. Después de llegar al nuevo mundo dirigidos por Cristóbal Colón se repartieron el territorio entre Españoles y PortuguesesHay varios ejemplares de los mapas escrituras y descripciones y también de las armas de ambos bandos.
Hay una sala donde conmemoran a los fundadores y defensores de la patria como Simón Bolívar
De cómo el y otros héroes llevaron a la libertad a Colombia y a casi toda latino américa. También en una parte de la sala se cuenta la historia de varias mujeres que tuvieron un rol indispensable para nuestra independencia pero que aveces es menospreciada por el hecho de que eran mujeres, y de cómo con el pasar de los años y con el sacrificio de muchas mujeres se logro la tan anhelada igualdad. Después de que se logra la independencia se cumple pero después de unos años se destruye y ala vez la vida de muchos de los libertadores .
Se muestra como los españoles implantaron un nuevo sistema monetario.
Se muestra las nuevas cosas que revolucionaron la vida en Colombia, cosas que cotidianamente usamos y no les damos la importancia que deberíamos; estos son la nevera, la lavadora, la estufa y el horno y la brilladora. También llegaron nuevas cosas como el cine a blanco y negro. También se dieron cambios e el arte ya no se hacían pinturas de héroes, santos y vírgenes, ya se hacían esculturas y pinturas con un nuevo punto de vista mucho mas moderno y contemporáneo. Las salas son:
Sala de Historia Natural
Sala de Paleontología
Sala de Cerámica Precolombina
Sala del Arte Tradicional
Sala de Pintura Latinoamericana
Sala de los Metates
Sala Amigos y Mecenas del Arte y la Cultura
Sala del Güegüense
Sala Rodrigo Peñalba
